FITS ファイルは、以下の FITS 要素が次の順で並ぶ
Primary HDU だけからなる FITS ファイルは「基本 FITS 」または Single Image FITS (SIF) ファイルといい、1つ以上の extension を持つものは Multi-Extension FITS (MEF) ファイルという。 各 FITS 要素は、整数個の FITS ブロックから成る。 Primary HDU は FITS ファイルの最初のブロックで始まる。 これに続く各 FITS 要素の最初のブロックは、直前の FITS 要素の最終ブロックの直後に置かれる。 FITS ブロックの大きさは、23040 ビット (= 2880 バイト) である。
Primary HDU とすべての extension は、ASCII テキスト(正確には 20H ~ 7EH の文字・数字・記号)からなる整数個のヘッダブロックとそれに続く整数個のデータブロックから構成される。 最初のデータブロックはヘッダの最終ブロックの直後に置かれる。
Standard では FITS ファイルのトータルサイズや個々の HDU のサイズには限界を設けないが、実際のソフトウェアでは制限がかかることがある(一部のシステムでは のファイルサイズ制限がある)。11