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HONIR Reduction Tool HONIRRED

Sep. 22, 2022.

はじめに

  • HONIRの解析プログラム群として honirred を提供する。
  • honirredは、IRAFパッケージ honir および、シェルスクリプト、C言語プログラムで構成される。
  • 必要環境: IRAF (2.14 or later)、C言語コンパイル環境、SFITSIO、sh、etc.
  • [NEW](2022/9/22) Python3 版解析パッケージkanatapy開発中。現在、CCD用overscan除去ツール hpkossub.py を提供。
    kanatapy: https://github.com/h-akitaya/kanatapy

Install

ファイルの場所

手順

  1. ファイルの展開
    • 各自IRAFのmkirafを実行したディレクトリ (IRAFの$homeに該当するディレクトリ; ここでは~/iraf/とする)で、honir_clscripts/, honir_prog/, honir_cal/ をGitHubから取得する。
            $ export irafhome=~/iraf/
      $ cd $irafhome
      $ git clone https://github.com/h-akitaya/honirred.git # reduction package
      $ git clone https://github.com/h-akitaya/honir_cal.git # calibration data
    • $home下に、./honir_clscripts/ (clスクリプト群)、./honir_prog/ (外部プログラム群)、./honir_cal/ (標準キャリブデータ群)が展開される。 
      honir_clscripts/ # honirred CL-script files
honir_prog/      # C program source files
honir_cal/       # calibration data
    • シンボリックリンクを作成する
      $ ln -s honirred/horir_clscripts .
$ ln -s honirred/horir_progs .
  2. login.clに以下を加える 
    task $honir = home$honir_clscripts/honir.cl
  3. Cプログラムを準備する (推奨。badpixel補正でIRAF版 fixpixのみを使用する場合は不要だが処理が非常に遅くなる)
    • Cプログラム群をコンパイルする
      $ cd $irafhome/honir_prog
$ make
      sffixpix がコンパイルされる。
    • SLLIB, SFITSIOが必要。未導入の場合は、 "SLI (Simple and Light Interface) ライブラリ for C users" を参照してインストールしておく。
    • 実行ファイルにパスを通す
      $(irafhome)/honir_prog を実行パスに含める。
      もしくは、 コンパイルで生成された実行ファイル(sffixpix etc.)を 実行パスの通ったディレクトリにコピーする。
  4. IRAF上パッケージ読み込み・初期設定
    • irafを立ち上げる
      $ cl
    • パッケージを読み込む
      cl> honir
    • パッケージの初期設定を行う
      cl> honirinit
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可視CCD画像用タスク

  • 詳細は、honir_clscripts/00README_xxxxx.txtを見よ。
  • 多くのタスクで、ファイル名の部分は、ワイルドカード指定、@list 形式 のリストファイルでもOK。
  • 以下で、ここに書ききれていないオプションパラメターを確認できる。
    cl> lparam taskname

CCD Overscan Region 削除・Bias Level 補正 : hntrimccd

cl>  hntrimccd hogehoge_ccd.fits
(hogehoge_ccd_bt.fits が作成される)
  • 画像が、hntrimccd未適用のCCD画像かどうかは自動判別する。 適用済みの画像はスキップ。未適用の画像は処理後に、fitsヘッダー HNTRIMC = 'yes' 付与。
  • 部分読み出しと全画像読み出しの双方に自動対応。
  • 役に立つオプション(1): 既存ファイルを上書きするとき
    cl>hntrimccd *ccd*fits over+
  • 役に立つオプション(2): 元ファイルを消したいとき
    cl> hntrimccd *ccd*fits clean+

CCD Bias Template Image の作成: hnmkbias

cl> hnmkbias *opt*_bt.fits bias_ave_bt.fits partial- skiptrim+
  • biasを平均化した画像 bias_ave_bt.fistを作成。
  • 部分読み出し画像のときは、partial+ とすること。
  • hntrimccdの処理が行われていない画像からbiasを作るときは、skiptrim- オプションを付ける。
  • 既存ファイルを上書きするとき
    cl> hnmkbias *opt*_bt.fits bias_ave_bt.fits over+
  • 元ファイルを消したいとき
    cl> hnmkbias *opt*_bt.fits bias_ave_bt.fits clean+

CCD Bias Image 差し引き: hnbsubccd

cl> hnbsubccd hogehoge_ccd_bt.fits template="bias_ave_bt.fits"
  • hogehoge_ccd_bs.fits が作成される
  • bias画像 *_bt.fitsから、bias template画像(template=で指定; hnmkbiasで作成)を差し引き、*_bs.fitsを生成する。
  • 既存ファイルを上書きするとき
    cl> hnbsubccd HN*opt00_bt.fits template="bias_ave_bt.fits" override+
  • 元ファイルを消したいとき
    cl> hnbsubccd HN*opt00_bt.fits template="bias_ave_bt.fits" clean+

CCD Image フラット処理

cl> hnflatten HN*opt*_bs.fits flat="flat_img_r.fits" filter="R" se_in ="_bt"
  • *_ds.fits について、filterが"R"の画像のみを選び flat_img_r.fits のフラット画像 (フラット画像作成については、後述のhnmkflat_ccdも参照)で割り、*_fl.fits を出力する。
  • se_in="_bs" は必須(defaultでは、近赤外画像用のse_in="_ds"となっているため)
  • 入力画像リストから、FITS header OBJECTが特定の画像のみを選ぶとき、object="KISS14g"のように objectパラメターを指定。object="" とすれば、天体名による画像選別は行わない。
  • オプション filter="" とすれば、天体名による画像選別は行わない。
  • オプション auto+ とすると、フラット画像を自動選択。(honirini.cl に事前に登録が必要)

近赤外Virgo検出器用タスク

Virgo reference pixel領域の削除 : hntrimvirgo

cl> hntrimvirgo hogehoge.fits
   (hogehoge_bt.fits が作成される)

解析パイプライン

近赤外フラット自動作成: hnmkflat_virgo

  • 実行例
    cl> hnmkflat_virgo flat_result.fits flat_on.lst flat_off.lst
  flat_result.fits : 最終結果フラット画像名
  flat_on.lst : flatlamp-on 画像名を羅列したlistファイル 
  flat_on.lst : flatlamp-off 画像名を羅列したlistファイル
  • 画像の初期処理(ref. pix.トリミング)、明フラット(on画像)・ダーク画像(off画像)それぞれの平均化、差引、規格化をパイプライン処理。
  • 平均化の際には、照度の安定性も評価。

可視フラット自動作成: hnmkflat_ccd

  • 実行例
    cl> hnmkflat_ccd flat_result.fits flat_on.lst bias.lst
  flat_result.fits : 最終結果フラット画像名
  flat_on.lst : flatlamp-on 画像名を羅列したlistファイル 
  bias.lst : bias 画像名を羅列したlistファイル
  • 画像の初期処理(ref. pix.トリミング)、明フラット(on画像)・bias画像それぞれの平均化、差引、規格化をパイプライン処理。
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支援ツール

画像データコピーツール gethonirfile.py

ツールの取得

導入

  1. gethonirfile.py をパスの通ったところに置き、実行権限を付与する。
    $ cp gethonirfile.py ~/bin/
$ chmod u+x ~/bin/gethonirfile.py
  2. スクリプト中の以下を自分の環境に合わせて変更する
    • 1行目のpythonのパス (shebang)
      (e.g) #!/usr/bin/python
    • HONIR画像がおいてあるディレクトリ
       BASE_DIR = "/mnt/data3/honir/obsdata"

実行

  1. データのコピー先ディレクトリに移動する
    $ cd ~/work/
  2. データをコピーする。日付(YYYYMMDD)、天体名(fitsヘッダーにあるもの)、OBSTYPEを引数にする。
    $ gethonirfile.py 20140401 GW_Ori SpecPol
    複数の天体名も指定可能。その場合、" " でくくって、","(カンマ)で区切る。
    $ gethonirfile.py 20150208 "PNS0059,SNinM61" Imaging

更新履歴

  • Ver 0.10 2014/4/11 H. Akitaya
  • Ver 0.14 2015/2/10 H. Akitaya
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更新履歴

  • Kanatapy について追加。Typo fixed. (2022/09/22)
  • Ver 0.32 細かなバグフィックス。複数のCCD部分読み出しに自動対応、ほか。(2015/11/13)
  • HONIR web pageに公開。SMOKA pageからリンク。 (2019/3/13)
  • Ver 0.32b honir_clscripts, hoinir_prog, honir_calのGitHub化 (2018/08/28; akitaya)
  • Ver 0.32 細かなバグフィックス。複数のCCD部分読み出しに自動対応、ほか。(2015/11/13)
  • Ver.0.30: 大幅なバグフィックス。細かなツールの追加 (2014/8/1)
  • Ver.0.27: キャリブデータに、撮像・偏光分光フラット添付。hnflatten自動フラット機能。一次処理パイプラインhnpreproc。ほか。(2014/4/17)
  • Ver.0.26: hntrimccd.cl 部分読み出し画像対応。オプションパラメターの整理(objsel, fltrsel廃止)。バグフィックス。(2014/4/14)
  • SFITSIO版 fixpix(sffixpix)追加。バグフィックス。(2014/3/4)
  • 一次処理全体の解説、flat作成ツールの簡易解説文書作成。バッドピクセルマップ等標準キャリブデータ追加。 (2014/2/20)
  • renewal (2014/1/26)
  • 可視フラット作成ツール hnmkimgflat_ccd.clの追加、近赤外フラット作成ツール hnmkflat_virgo.cl修正。(2013/02/04; akitaya)
  • 細かなバグ修正。観測用クイックルックツールを中心としたタスクの増備。(2013/01/29; H. Akitaya)
  • VIRGO用 reference pixel領域除去タスク hntrimvirgoを、2012/10のクロックパターン修正に伴う新しい(正しい)reference pixel配置に対応させた。2012/9以前のデータに対しては、obsolated/hntrimvirgo.cl を用いること。(2012/11/7; H. Akitaya)
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